普通的自來水、地下水或者工業用水往往滿足離子交換離子交換樹脂或反滲透膜對玷污物質的進水要求，原水只有經過適當的預處理后，才能滿足制水制備系統對水的水質要求。

       制藥用水系統的一步是預處理，原水預處理的主要對象包括水中的懸浮物、微生物、膠體、有機物、重金屬和游離狀態的余氯等。根據預期指標不同，采用不同的純化水預處理方法，要根據原水水質情況、產水要求、企業成本預算、對風險的承受能力、GMP/FDA認證方面等進行綜合考慮。

       當原水中懸浮顆粒的含量小于50mg/L時，可以采用接觸凝聚或過濾的方式，目前多是使用多介質過濾器，有效去除水中的懸浮物、膠體、其他微粒。

       當原水中鈣鎂離子硬度較高時，可以在去除濁度的同時，加入石灰進行預軟化。目前多是采用使用軟化器過濾器，運用陽離子交換法，將原水通過鈉型陽離子交換樹脂，降低原水硬度防止反滲透膜表面結垢，終影響反滲透膜的使用性能。

       當原水中的有機物含量較高時，可采用加氯、凝聚、澄清過濾等方法處理，或者增加活性炭過濾器。活性炭過濾器在去除有機物的同時，還有吸附、去除水中色素、異味、余氯的作用，保護RO膜不被氧化影響產水水質。

       當原水中鐵、錳含量較高時，應增加曝氣、過濾裝置，達到去除鐵和錳的目的。

       如果后續處理工序采用反滲透或EDI等設備時，應在原水進入設備之前，再增設一個（組）精密過濾裝置，作為反滲透等設備的保護措施。如果對膠體狀態的硅要求較高，可在加入石灰的同時加入氧化鎂，可以有效去除硅。