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一、預防污染
預防是防止細胞培養過程中發生污染的辦法。只有在細胞培養前做好預防工作，才能將發生污染的可能性降到最小程度。
一般預防可以從以下幾方面著手：
1. 作者
① 操作者需要具備很強的責任心，并且細心穩重、操作技術熟練。進無菌室前要用肥皂洗手或用5%新潔爾滅浸泡5分鐘，按規定穿隔離衣。進入后關好門，坐下后盡量少走動。工作開始前用75%酒精棉球擦手、擦瓶口和燒灼瓶口，嚴格檢查器材、溶液和培養物，不要把污染品或未經消毒的物品帶入無菌室內，以免造成大批污染。
② 操作者動作要輕，必須在火焰周圍無菌區內打開瓶口，并將瓶口轉動燒灼。（操作時盡量不要談話，若打噴嚏或咳嗽應轉向背面）
③ 操作時要常更換吸管，切勿一直使用同一根吸管。一旦發現吸管口接觸了手和其他污染物品應及時丟棄。實驗完畢后及時收拾，保持實驗室的清潔整齊，最后用消毒水浸泡的紗布擦臺面。
2. 物品、用品消毒滅菌
細胞培養所用物品清洗、消毒要che底，各種溶液滅菌除菌要仔細，并在無菌試驗陰性后才能使用。操作室及剩余的無菌器材要定期清潔消毒滅菌。
3. 防止細胞交叉污染
① 在進行多種細胞培養操作時，所用器具要嚴格區分，做上標記便于辨別。并按順序進行操作，避免一起進行時發生混亂。
② 在進行換液或傳代操作時，注射器和滴管不要觸及細胞培養瓶瓶口，以免把細胞帶到培養液中污染其他細胞。
③ 所有細胞一旦購置，或從別處引入、自己建立，均應及早留種凍存，一旦發生污染可棄之復蘇，重新培養。
二、污染的清除
培養細胞一經污染，多數都會較難處理。如果污染細胞價值不大，建議丟棄；有細胞株留存的或可購置的，可在尋找原因后消毒操作室，復蘇或重新購置細胞，再培養。若污染細胞價值較大，又難于重新得到，可采取以下辦法清除：
1. 使用抗生素
抗生素對殺滅細菌的效果較好。聯合用藥比單獨用藥效果好；預防用藥比污染后再用藥效果好。預防用藥一般用雙抗生素，污染后清除用藥需采用大于常用量5~10倍的沖洗法，于加藥后作用24～48小時，再換常規培養液。此法在污染早期可能有效。所用抗生素品種除青-霉素、鏈-霉素外，還可用慶-大霉素、卡-那霉素、多粘菌素、四環素、制-霉菌素等。常用400～800μg/mL卡-那霉素或200μg/mL四環素處理，每隔2～3日換液1次，傳1～2代進行治療。
2. 使用支原體特異性血清
用5%的兔支原體免疫血清（血凝效價1:320以上）可去除支原體污染，因特異抗體可抑制支原體生長，故經抗血清處理后11天即轉為陰性，并且5個月后仍為陰性。（此法比較麻煩，不如用抗生素方便、經濟）
3. 加溫處理
將污染的組織培養物放在41℃培養18小時，可殺死支原體，但對細胞有不良影響。所以在處理前要進行預試驗，摸索能最大限度殺死支原體又對細胞影響最小的加熱時間。（此法有時不可靠，若先用藥物處理后，再以41℃加溫處理效果更佳。）
4. 其他方法
除了上述去除污染的方法外，還有動物體內接種除菌法、巨噬細胞吞噬法、污染培養瓶中加溴尿-嘧啶再用光照射的方法及過濾法等，但均較麻煩，且效果不確定。所以一旦支原體污染，除非有特別重要價值，一般均棄之重新培養。
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