地埋式農村污水處理設備整個工藝系統采用自動/手動控制。采用PLC編程控制。水泵采用抗堵塞、撕裂型潛污泵。該泵排泥能力強、無堵塞。調節池水泵設置兩臺，超高水位時二臺泵同時啟動。水泵功率為0.75kw，水泵的啟動采用液位控制。風機采用兩臺羅茨鼓風機，能自動交替運行，單臺風機運行壽命為30000小時左右。每天工作時間不少于18小時。

地埋式農村污水處理設備的運行，不需要配專門的管理人員，但在設備允許過程中用注意以下事項：

一、開機時必須先啟動曝氣風機，逐漸打開曝氣管閥門，然后啟動污水泵（或開啟進水閥門）；關機時必須先關污水泵（或關閉進水閥門），在關閉曝氣風機。

二、如污水較少或沒有污水，為保證生物膜的正常生長，使生物膜不死亡脫落，風機可間歇啟動。啟動周期為2小時，每次運行時間為30分鐘。

三、嚴禁砂石、泥土和難以降解的廢物（如塑料、纖維織物、骨頭、毛發、木材等）進入設備，這些物質很難進行降解，且會造成管路堵塞。

四、防止有毒有害化學物質進入設備，這些物質將影響生化過程進行，嚴重的將導致設備生化反應系統破壞。

五、在地埋式農村污水處理設備的運行過程中，必須保證下雨不積水；設備上方不得停放大型車輛；設備一般不得抽空內部污水，以防地下水把設備浮起。