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　　與RNAi相關，能偵查到入侵者的新機制，這種機制與之前通過識別dsRNA，或者一些外來序列其他異常特征的方法不同，新方法是通過將外來序列和之前表達的RNA記憶進行比較，一旦識別出差異來，一種稱為外來DNA  片段的“表觀記憶”就會產生，并且一代傳給一代，*沉默這一基因。
　　這種與RNAi相關的現象被稱為RNAe，顯著特點就是動物體攜帶有之前基因表達的記憶。這種活性基因的記憶可以作為一種“反沉默（anti-silencing）”信號，保護機體本身產生的基因不受到RNAe的影響，在某些情況下，將外來基因作為自身基因。
　　
　　piRNA來自基因組聚集區域，是種類多樣，豐富的小分子非編碼RNA，在哺乳動物中更是有百萬種。在大多數線蟲中piRNAs，以及哺乳動物中的許多piRNAs都缺失明顯的互補靶標，功能并不清楚。有可能piRNAs的作用是一種遺傳保護體系，利用不*配對的堿基對，幫助識別外來核苷酸。
　　
　　那么阻止piRNAs識別和*沉默線蟲本身基因的機制又是什么呢？值得注意的是，研究人員發現這種“自我”轉錄本有時會受到保護，無法進入WAGO系統，一些活性基因實際上確實能打開沉默基因。由于自我轉錄是與第三種Argonaute系統——CSR-1在一起的，因此研究人員認為，CSR-1也許提供了一種反沉默，或者保護功能，這能幫助線蟲識別自己的基因，進行表達。
　　
　　“總而言之，這些研究提出了一種小分子RNA系統在表觀遺傳過程中，令人驚訝的復雜作用”，，“這表明了piRNAs能不斷掃描生殖細胞中的所有表達的基因，不斷的將每個序列，與之前基因表達記憶進行比對。當找到外來基因的時候，這個新型表觀遺傳信息就會被傳遞給下一代。反過來說，如果偶然有新基因被隨機表達，那么這個活性狀態也會被作為一種穩定的表觀遺傳記憶，被傳遞給下一代，因此機體就能有效的將外來基因融入自身基因了。”