PCR用于擴增位于兩端已知序列之間的DNA區段，即通過引物延伸而進行的重復雙向DNA合成。基本原理及過程如下： 
PCR循環過程中有三種不同的事件發生：（1）模板變性；（2）引物退火；（3）熱穩定dna聚合酶進行DNA合成。
1． 變性：加熱使模板DNA在高溫下（94-95℃）變性，雙鏈間的氫鍵斷裂而形成兩條單鏈，即變性階段。 
2． 退火：在體系溫度降至37-65℃，模板DNA與引物按堿基配對原則互補結合，使引物與模板鏈3’端結合，形成部分雙鏈DNA，即退火階段。 
3． 延伸：體系反應溫度升至中溫72℃，耐熱DNA聚合酶以單鏈DNA為模板，在引物的引導下，利用反應混合物中的4種脫氧核苷三磷酸（dNTP），按5’到3’方向復制出互補DNA，即引物的延伸階段。 
上述3步為一個循環，即高溫變性、低溫退火、中溫延伸3個階段。從理論上講，每經過一個循環，樣本中的DNA量應該增加一倍，新形成的鏈又可成為新一輪循環的模板，經過25～30個循環后DNA可擴增106～109倍。 
典型的PCR反應體系由如下組分組成：DNA模板、反應緩沖液、dNTP、MgCl2、兩條合成的DNA引物、耐熱DNA Taq聚合酶。
瓊脂糖凝膠電泳的原理：瓊脂糖是一種天然聚合長鏈狀分子，沸水中溶解，45℃開始形成多孔性剛性濾孔，凝膠孔徑的大小決定于瓊脂糖的濃度。DNA分子在堿性環境中帶負電荷，在外加電場作用下向正極泳動。DNA分子在瓊脂糖凝膠中泳動時，有電荷效應與分子篩效應。不同DNA，其分子量大小及構型不同，電泳時的泳動率就不同，從而分出不同的區帶。瓊脂糖凝膠電泳法分離DNA，主要是利用分子篩效應，遷移速度與分子量的對數值成反比關系。溴化乙錠（EB）為扁平狀分子，在紫外照射下發射熒光。EB可與DNA分子形成EB-DNA復合物，其發射的熒光強度較游離狀態EB發射的熒光強度大10倍以上，且熒光強度與DNA的含量成正比。用肉眼觀察，可檢測到5 ng以上的DNA。 
三、實驗材料及相關試劑 
基因組DNA，基因特異性引物，PCR擴增相關試劑，等 
四、實驗步驟 
1．模板DNA的抽提：實驗一所得的水稻基因組DNA。 
2．PCR操作 (在冰上操作)： 
（1）PCR反應混合液的配制：反應體系25 µL, 在無菌的0.2 mL離心管中按下列操作程序加樣：

（2）將反應混合液混勻, 然后每個PCR管中分裝24 µL反應混合液，再加1 µL模板DNA，zui后加1滴石蠟油，防止水分蒸發, 然后稍離心。
（3）將PCR管放到PCR熱循環儀中，按下列程序開始循環：