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華大基因研制完成德國大腸桿菌檢測試劑盒
點擊次數：298 發布時間：2013-1-9
2011年6月7日，自5月中旬德國大腸桿菌疫情爆發以來，已對德國的公眾健康造成了嚴重的危害，疫情也正陸續蔓延至歐洲各地。科研工作者們正利用深圳華大基因研究院早前公布的該大腸桿菌基因組序列信息積極的開展研究，為早日結束這場疫情而共同努力。深圳華大基因研究院今日又發布研究進展，公布了第三版的含有測序數據的大腸桿菌基因組完成圖譜。并且華大基因與其合作研究小組已研制出該大腸桿菌的診斷試劑盒，將無償提供檢測實驗方案及所需引物序列信息，給范圍內的病情診斷、疫情監測和污染源調查提供支持。
團隊整合了之前發表的Ion Torrent數據和基于Illumina公司Hiseq測序平臺新產生的數據，并進行序列拼接，從而得到*個真正意義上基于從頭測序的組裝結果。這次新發表的全基因組組裝結果，比早前發布的版本更加完整（完整度>99%）并且修正了之前可能出現的組裝錯誤。對該版本的基因組序列的分析也同樣證實了該大腸桿菌含有來自腸出血性大腸桿菌（EHEC）和腸黏附性大腸桿菌（EAEC）的致病基因。
基于之前的研究發現，華大基因與軍事醫學*微生物流行病研究所的科研人員迅速開展了針對該大腸桿菌的診斷試劑盒的研發。并且于昨日驗證完成了可快速檢測該大腸桿菌菌株的PCR診斷方案。該診斷方法主要通過兩對特異性引物的擴增，而鑒定出與黏附性及出血性相關的基因。 該方法可在收到樣品后2-3小時內提供診斷結果，其對疫情監控和和致病病菌的檢測起著重要作用。
對試劑盒的靈敏度和特異性進行數據分析及實驗測試，證明了該檢測方案具有高度特異性。靈敏度實驗檢測結果也表明，該方法在DNA濃度低至約1皮克（10-12克）的反應體系中仍可檢測出該菌株。更多的驗證試驗將會在本周繼續開展。同時，為了更好地控制此疫情的傳播，華大基因與軍事醫學*微生物流行病研究所將免費為疾病控制和研究機構提供合成引物，為監控及預防范圍內疫情的擴散提供幫助。