對于超凈臺的選購，首先要確認適用于垂直流的超凈臺還是水平流的超凈臺，然后再確定超凈臺的使用人數及使用面數，究竟是單人單面還是單人雙面，抑或雙人單面還是雙人雙面。確定了以上兩點后，超凈臺的選型就基本結束了。
也許還有很多用戶會疑問，為何超凈臺的構造都是一個外殼加風機和兩層過濾器，但是價格上差異那么大。那就讓我們來分析一下超凈臺的用料，首先一些超凈臺的外觀制作較為精致新穎，材料使用的不銹鋼材質較好，所以在外殼上就會有較高的成本；其次，超凈臺的風機也是區分價格的一個部件，好的超凈臺通常使用進口風機，此類風機噪音小，振動低，使操作人員在一個安靜的環境下進行實驗，而一些國產的風機在使用了一段時間以后就會發現噪音很大，超凈臺的振動也會影響到實驗的正常進行；最后也是最重要的就是高效濾膜（HEPA膜）了，由于高效濾膜直接影響超凈臺的潔凈度及使用壽命，所以質量好的HEPA膜在成本上會較低檔次的膜高很多。當然，HEPA膜的使用壽命的長短與空氣的潔凈程度有關。在溫帶地區超凈臺可在一般實驗室使用，然而在熱帶或亞熱帶地區，由于大氣中含有高量的花粉，或多粉塵的地區，超凈臺則宜放在較好的有雙道門的室內使用。任何情況下不應將超凈臺的進風罩對著開敞的門或窗，以免影響濾清器的使用壽命。
