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膜污染是污水中的懸浮顆粒、膠體等在膜表面沉積，造成膜孔堵塞的現象。膜一旦與料液接觸，污染即開始，由于溶質與膜之間相互作用產生吸附，開始改變膜特性。對于微濾膜，這一影響不十分明顯，以溶質粒子的聚集與堵孔為主；而對于超濾，如膜材料選擇不當，影響相當大，與初始純水通量相比，可降低 20%～40%。尤其在低流速、高溶質濃度情況下，溶質在膜表面達到或超過飽和溶解度時，便有凝膠層形成，導致膜的透過量不依賴于所加壓力，引起膜透過量的急劇降低，因此在此種狀態下運行的膜，使用后必須清洗，以恢復其性能。
控制膜污染的措施有：
（1）對膜生物反應池系統進水進行預處理，去除其中的粗大顆粒；
（2）選擇合適的操作壓力；
（3）縮短出水泵抽吸時間或延長停吸時間和增加曝氣量均有利于減緩膜污染。對膜進行空氣清洗可以除去表面雜質，孔中的雜質可用水反洗將其排出。水反洗是用過濾水從反洗罐中泵到抽水管中，根據膜種類的不同，一般每 10 分鐘～24 小時反洗一次。當水反洗無效果時，為了保持膜的良好性能，有必要使用化學清洗方法去除污染物。膜的化學清洗依據污染物的具體情況有所不同，使用的清洗藥劑也不一樣。化學清洗時，選擇化學藥品的原則一是不能與膜及其他組件材質發生任何化學反應，二是不能因為使用化學藥品而引起二次污染。
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