次氯酸鈉屬于高效的含氯消毒劑。含氯消毒劑的殺菌作用包括次氯酸的作用、新生氧作用和氯化作用。次氯酸的氧化作用是含氯消毒劑的最主要的殺菌機理。含氯消毒劑在水中形成次氯酸，作用于菌體蛋白質。次氯酸不僅可與細胞壁發生作用，且因分子小，不帶電荷，故侵入細胞內與蛋白質發生氧化作用或破壞其磷酸脫氫酶，使糖代謝失調而致細胞死亡。
R-NH-R+HC10-RNC+H2O（細菌蛋白質）
次氯酸鈉的濃度越高，殺菌作用越強。而次氯酸鈉在水中能解離為次氯酸
NaC10+H2O-NaOH+HC10
所以說次氯酸鈉溶液是一種高效的消毒液。
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