根據國家環保總局的有關規定(國家環保總局.醫院污水處理技術指南.2003.12(環發(2003)197號 )，將各類醫院按性質分為綜合醫院和傳染病醫院兩類，與衛生系統對醫院及醫療機構的劃分方法有差別。其中傳染病醫院指傳染性疾病專科醫院和帶傳染病房的綜合醫院，綜合醫院為不帶傳染病房的綜合醫院和各類非傳染性疾病的專科醫院。醫院污水凈化包括綜合醫院、中醫醫院、中西醫結合醫院、民族醫院和專科醫院(傳染病醫院(包括結核病院)、心血管病醫院、腫瘤醫院、口腔醫院、婦產科醫院和精神病醫院等等)各類醫院污水的處理，同時也包括療養院、康復醫院等其它醫療機構和獸醫院的污水處理工程。
綜合醫院廢水處理設施一般埋設于地表之下，運用二次生物接觸氧化處理工藝，它處理的效果超越全混合生物氧化池，對水質的適應性強度高，保證了水處理的穩定性。該設備在池中采用了新型強效彈性立體填料，對污水中的有機物質具有強效去除的功能。。綜合醫院廢水處理設施通過氧化處理之后，產生的污泥量較少，僅需90天排放一次即可。為了避免放生病菌滋生、傳播的現象發生，必須對水質進行深度消毒處理。目前應用多的消毒工藝有:紫外線消毒、二氧化氯消毒、臭氧消毒。醫院需根據污水水質特點及排放量進行選擇。
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