醫療類污水處理設備可供選擇的處理方法有很多。常用的方法有活性污泥法和生物膜法兩大類。

生物膜法常見的有：生物接觸氧化法、曝氣生物濾池（BAF）等。生物膜法處理污水主要靠生長在介質表面的生物膜來完成。雖然生物膜法可以避免污泥膨脹、污泥腐化等問題，且具有運行穩定、處理效果好等優點。但是，它的結構都比較復雜，內部組件多，因此機械故障多也順理成章的事，維修工作量大。所以，生物膜法的應用也就受到一定局限，一般只適合用于小型污水處理工程項目中。

醫療污水中含有一些特殊的污染物，如藥物、消毒劑、診斷用劑、洗滌劑，以及大量病原性微生物、寄生蟲卵及各種病毒。尤其是傳染病區和結核病區的污水中，含有多種傳染性病菌、病毒，如肝炎病毒、結核菌和痢疾菌等。與工業廢水和生活污水相比，它具有水量小、污染力度強的特點。這些病毒、病菌和寄生蟲卵在常溫環境中具有較強的存活率和適應性，在污水中能夠存活較長時間。如任其排放，必然會污染水源，傳播疾病，故必須將這些污染消滅在源頭。

因此醫療污水必須經消毒處理。醫療污水消毒有次氯酸鈉、二氧化氯、臭氧等多種消毒方法。一般采用二氧化氯對污水進行消毒，二氧化氯具有殺菌效果好、效率高、不與氨反應、不生成致癌的有機氯化物等優點，因而被廣泛使用。二氧化氯由二氧化氯發生器直接供給。污泥也必須消毒，對于污泥的消毒，可采用熟石灰。

米蘭機械實踐證明采用石灰法消毒醫院污泥是一種簡單有效的方法，并有防腐與抑制氣味產生的作用。采用活性污泥法+過濾+二氧化氯消毒法醫療類污水處理設備是比較經濟適用的。它宜大宜小，適用于各大小醫院，而且投資也不是很大，運行費用也不大，具有一定的推廣價值。