在MBR工藝中，由于用膜組件代替了傳統活性污泥工藝的二沉池，可以進行高效的固液分離，克服了傳統工藝中出水水質不夠穩定，污泥容易膨脹等不足，從而具有以下優點：
1，高效的進行固液分離，抗沖擊負荷能力強，出水水質優質穩定。可以*去除SS.對細菌和病毒有很好的截留效果。
2，由于膜的高效截留作用，可使微生物*截留生物反應器中。實現了水力停留時間和污泥齡的*分離。
3，生物反應器內能維持高濃度的微生物量，可高達10G/L以上，處理裝置容積負荷高，占地面積可減少到傳統活性污泥法的1/2到1/3
4，有利于增殖緩慢的微生物如硝化細菌的截留和生長。系統硝化效率得以提升，也可以增長一些難降解的有機物在系統中的水力停留時間，有效地將分解難降解有機物的微生物滯留在反應器內，有利于難降解有機物降解效率的提高。
5，MBR一般都在高容積負荷，低污泥負荷下運行。剩余污泥量低，降低了污泥處理費用
6，可以實現*的自動控制，無人管理模式，操作管理方便。
7，生物膜反應器可以過濾細菌，病毒等有害物質，可節省加藥消毒所帶來的*運行成本。
8，通過*的運行方式，膜表現不易堵塞，膜清洗間隔時間長，洗膜方式間隔時間長，洗膜方式簡單易行。從而減少了設備維護工作，MBR與傳統的水處理工藝的比較。