生物化學治理方法主要是借助于微生物的新陳代謝作用，分解向酒廢水中的有機物質或其他雜質，白酒廢水中通常含有較高濃度的有機物質，微生物的生物化學作用具備很好的可再生性，不僅不會對白酒廢水造成二次污染，同時還可以增強廢水的可生化性，生物化學方法已經成為我國酒業生產中應用較廣泛的廢水處理技術，一般可以根據微生物的好氧性和厭氧性對具體措施進行分類。

　　1厭氧法：有些白酒釀造流程會產生大量的高濃度有機廢水，例如：白酒發酵和蒸餾工藝中產生的鍋底水或發酵池水中有機廢物含量較高，如果采用物理處理法僅能除去體積較大的渣滓，凈化后水的純度和生化性都無法滿足循環利用的標準，利用微生物的厭氧性可以有效改善凈化工藝效果，同時能夠回收能源。

　2好氧法：好氧法處理技術是利用好氧微生物與廢水接觸過程中，通過微生物的生化作用對有禮物進行降解或吸收，從而有效降低白酒廢水中的有機雜質。這種方法相對于厭氧法的好處在于微生物的生化過程并不產生臭味氣體，同時作用時間較短，廢水處理效率較高。目前應用較廣的兩種技術是生物膜廢水處理法與活性泥廢水處理法。，在處理過程要及時補充氧氣以增強微生物的生化作用，這種方法較適用于白酒工藝過程中間歇排放的廢水凈化處理，凈化后的水質明顯提高，一般可以直接用于循環操作。

　　3好氧法與厭氧法協同作用：研究表明，如果在白酒廢水治理中單獨采用厭氧法，凈化后的水質仍然無法滿足循環利用的標準，而單獨采用好氧法，又需要建設大規模的處理流程，經濟性下降。在實際白酒廢水處理中一般是先采取厭氧法進行廢水凈化，然后再運用好氧處理，綜合利用好養細菌與厭氧細菌的生化作用降解有機雜質。