化學合成類藥物生產過程復雜，工藝過程反應步驟多，一種原料藥往往有十幾步甚至幾十步反應;參與藥物合成過程的母核、前體、側鏈、保護基、輔劑等物質的種類多、利用率低、生產過程產生的廢棄物量大、成分復雜，對環境的污染危害影響嚴重。其生產 廢水中的污染物是以化學合成物質為主，同時含有大量殘留藥物效價及其降解物以及不同的鹽類等，其廢水較發酵類廢水具有更強的生化抑制毒性。廢水直接采用一般的生化方法進行處理，污染物去除效率較低，處理后的廢水很難達到排放標準要求。目前，制藥廢水經過二級處理以后仍達不到新標準的排放要求，而且其二級出水水中含有的有機成分都是難以生物降解的、可生化性極差的，所以不易再采用生物的方法進行處理。

但是如果可以通過預處理的制藥廢水二級出水的可生化性提高，則還是優先考慮用生物的方法進行處理。因為在廢水處理領域，生物法技術上比較成熟、效果上也比較穩定，且處理成本低廉，這些都是其它深度處理方法*的。由于好氧生化處理法對于中低度的有機廢水有很好的處理效果，因此在制藥廢水的深度處理中，采用預處理-好氧生物處理相結合的組合工藝是比較適宜的。目前深度處理中研究較多的好氧生物處理技術有生物活性炭法、曝氣生物濾池、生物接觸氧化法、生物流化床及膜生物反應器等。