WinRHIZO根系分析系統主要用于分析根系長度、直徑、面積、體積、根尖記數等，功能強大，操作簡單，廣泛運用于根系形態和構造研究。是一套用于洗根后的專業根系分析系統。

    WinRHIZO根系分析系統的原理是利用高質量圖形掃描系統提供高分辨率的彩色圖像或黑白圖像，該掃描系統匹配專門的雙光源照明系統，去除了陰影和不均勻現象的影響，有效的保證了圖像的質量。采用非統計學方法測量計算出交叉重疊部分根系長度等參量，WinRHIZO根系分析系統可以讀取TIFF，JPEG標準格式的圖像。

    WinRHIZO根系分析系統由圖像撲捉系統和根系分析系統共同組成，WinRHIZO根系分析系統專業版還可以進行根系顏色分析：根的長度、面積、體積、根尖計數、根系存活數量等研究；根系連接分析：用于根系分支角度、連通性等形態研究；根系拓撲分析：連接數量、路徑長度等研究（需要根系完整）；根系分級伸展分析：記錄根系整體等級分布情況（需要根系完整）等。