土壤表面看似平靜無奇，實則內部存在一套不停運轉，保持穩定狀態的生態系統，當有外來物質進入土壤時，系統會通過各種作用盡量保持自身的穩定性，這就是土壤的自凈作用，在進行污染土修復工程時，如何將土壤的自凈作用加以利用，是值得探討的問題。
目前已知的土壤自凈包括物理、化學、生物作用，當有污染物進入土壤時，土壤在自身礦物質、有機物質、微生物等作用下，經過一系列物理、化學、生物反應，降低污染物濃度或改變其形態，盡量令其對自身的危害降到較低，下面具體來介紹一下這三種作用。
土壤物理自凈
主要指依靠陽光、溫度、濕度、風力等資源使污染物自然揮發擴散，從而起到毒性降低的作用。
土壤化學自凈
主要指各種化學反應，例如氧化還原、酸堿中和、凝聚沉淀作用等，利用土壤中的水分進行水解、分解化合反應等，另外利用太陽光中輻射能和紫外線等引起的光化學降解作用等。
土壤生物自凈
土壤中存在大量具有氧化分解有機物能力的微生物，主要是一些細菌、真菌、放線菌等。有機污染物在這些土壤微生物作用下，被逐步無機化或腐殖質化，有機物腐殖質化后形成的腐殖質，不但無害，還可向植物提供養料，改善土壤物理性質，促進微生物活動。
土壤雖然自身具有自凈能力，但必經是有限的，當污染物數量、濃度或者污染速度超出了土壤自身凈化能力時，生態系統平衡就會被破壞，逐漸使土壤失去正常功能，質量下降，這種情況下就需要進行修復治理來恢復土壤活性了。土壤自凈作用是緩慢的也是有限度的，所以我們更應當合理開發使用土壤，保護土壤環境，守護土壤健康就是守護人類自身的健康。
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