制藥廢水處理難點在于廢水中的某些成分有可能抑制微生物的生長，進一步降低廢水的可生化性，使出水不符合排放標準。因此，提高可生化性是制藥廢水處理過程中面臨的首要問題。目前，制藥廢水的處理方法主要有生化法、化學法和物理化學法以及其組合方法。
1、化學法
化學法是廢水處理的傳統方法，目前以氧化法、電解法以及氧化法等作為制藥廢水的預處理比較常見。
微電解法目前已應用于工業廢水的處理。Zhou Jian等對鐵炭微電解系統處理高氮、難降解制藥廢水進行了研究，結果表明，填料的粒度，pH、鐵碳含量、氣水體積比和停留時間，影響鐵炭微電解系統的脫氮效率。馮雅麗等采用鐵炭微電解法預處理COD為10.08g/L，pH為8.3，鹽質量分數為3.5%，BOD5約為1400mg/L，B/C為0.14的高含鹽制藥廢水，優化反應條件：pH為4.5，鐵投加量40g/L，鐵炭質量比1：1，反應時間4h，COD去除率可達40%以上，并可以提高廢水的可生化性。該法處理設備簡單、易制作、操作方便、處理成本較低、適用范圍廣、易于同其他方法聯合使用等特點。
化學法也可作為制藥廢水的深度處理方法。李再興等研究表明，Fenton氧化抗生素廢水2級處理出水的單因素試驗優化工藝條件為：H2O2投加量為5mL/L，初始pH為4，Fe2+、H2O2摩爾比為1/20，反應時間為60min，實驗證明了Fenton氧化作為抗生素廢水3級處理的可行性，但在實際工程中的應用還有待考量。張國威等以東北某制藥廠廢水為研究對象，對O3/H2O2處理制藥廢水的影響因素進行試驗研究，結果表明，在深度處理進水COD約為480mg/L時，優化工藝參數：pH為9，臭氧投加量1247mg/(L·h)，處理時間4.5h，COD去除率可達到83%。Achilleos A等利用UV-A/TiO2光催化氧化法降解制藥廢水中抗生素類藥物雙氯芬酸等有機污染物，主要研究了催化劑的種類和負荷、雙氯芬酸的初始含量及H2O2的用量等因素對處理效果的影響。
2、物化法
物化處理法通常情況下是用于高含量或生化性較差制藥廢水的預處理，也可用于后續的深度處理。主要的物理化學處理方法有混凝、吸附、氣浮、離子交換及膜分離法等。
混凝是目前比較成熟的一項廢水處理技術，通常作為預處理工藝。蘇焱順等采用混凝沉淀工藝預處理某制藥企業中高含量制藥廢水，COD的去除率可達到40%以上。結果表明，在相同條件下，DK膜的通量隨時間的下降幅度較小，截留率較大；隨著溶質含量或溶液溫度的升高，納濾膜的通量下降幅度增大，截留率增大。膜分離技術可精細到分子水平，在污染物分離過程中無需添加任何藥劑，且無任何相變，在制藥廢水深度處理方面有很大的發展空間。周瑜等研究ABR-MBR聯合工藝處理高含量制藥廢水，進水COD為2500mg/L左右，可生化性差，出水水質達標。Dolar等研究了混凝-微濾預處理后采用反滲透和納濾處理制藥廢水，出水效果很好，污染物去除率基本達到100%，并成功進行了膜清洗。
3、生化法
生化法主要是通過微生物代謝作用降解污水中的有機污染物，目前應用比較多的是UASB及其組合工藝。UASB厭氧反應器具有結構緊湊、有機負荷大、無需機械攪拌、處理效果好以及投資省等優點，在高含量制藥廢水以及其他工業廢水的處理中得到了廣泛的應用。
UASB-SBR生化系統是很有代表性的厭氧好氧系統，其運行操作相對簡單，運行費用合理，對于高含量只要廢水的處理已形成較成熟的工藝控制參數。Qi Peishi等采用一體式膜生物反應器(SMBR)中試，研究其對高含量制藥廢水的處理效果，結果表明，該反應器可在低污泥產率較高的容積負荷條件下運行，ρ(VSS)/ρ(SS)和Y0隨著HRT的減小呈下降趨勢。張彤炬等采用水解酸化預處理、深井曝氣法為主體工藝處理華北某制藥廠的激素類制藥廢水，當進水COD為8~10g/L、BOD5為4.8~6.0mg/L、pH為4~6、氨氮的質量濃度約300mg/L時，出水COD≤500mg/L、BOD5≤300mg/L，出水水質可達到GB8978-1996的三級標準要求。李亞峰等采用預處理-UASB-A/O工藝處理成分復雜的藥物廢水，出水COD、BOD5可滿足GB21904-2008要求，預處理采用微電解技術，使COD得到有效地去除，并且提高了廢水的可生化性，同時還有良好的脫色效果。Shree-shivadasan C等介紹了升流式厭氧反應器處理制藥廢水的工程實例，處理效果較好。但是存在一定的問題，由于其有機物成分復雜，限制了反應器的HRT，而理想的出水效果需要較長的HRT。
4、其他組合工藝
由于制藥廢水具有難降解的特點，單一處理工藝有時不能保證出水效果，因此國內外采用組合工藝處理制藥廢水的研究都比較多。組合工藝主要以化學法和生物法為主體工藝進行展開，達到較好的處理效果。
單獨采用一般的好氧工藝處理高含量制藥廢水，對有機物含量有一定的限制，有機物含量過高會對好氧微生物有一定抑制作用，也容易出現供氧不足的狀況，曝氣電耗大，氧利用率低，處理效果不理想。微電解-混凝組合工藝預處理制藥廢水，生物處理和活性炭吸附深度處理的研究表明，微電解混凝預處理可減少污染物的毒性，提高廢水可生化性，生物處理去除大部分的COD，活性炭吸附法作為處理進一步去除剩余的非生物降解的顆粒。預處理后COD和SS的去除率分別為66.9%和98.9%，組合處理工藝的COD去除率達96%，出水水質達到GB8978-1999三級標準各項指標。
周俊采用催化氧化預處理+水解酸化+接觸氧化組合工藝處理合成類制藥廢水，進水COD=25g/L，預處理后COD去除率為85%，處理后出水COD≤0.5g/L，pH為6~9，該系統合理的流程組合充分體現工藝設計的合理性和*性，并能有效的達到處理制藥廢水的目的。
