對于畜禽養殖廢水帶來的環境問題，國外早已有深刻認識。日本早在20世紀60年代就提出了“畜產公害“問題。雖然我國集約化畜禽養殖業起步較晚，但發展勢頭十分迅猛，在很短時間內已達到相當的規模，并呈高速發展的趨勢，畜禽養殖場排放的大量而集中的糞尿與廢水已成為許多城市及農村的新興污染源，是一些城市環境污染的根本原因之一。畜禽養殖業對環境的危害很大。
養殖場污水的生物處理技術就是利用生物的新陳代謝作用，使廢水中呈溶解、膠體以及微細懸浮狀態的有機物轉化為穩定、無害物質的方法。自然界中有大量依靠分解有機物而存活的微生物，這類微生物通過其本身的新陳代謝來分解環境中的有機物并將其轉化為穩定、無害的微生物。有機污染物的生化處理技術就是利用微生物的這一功能，并采取一定的人工技術措施，創造有利于微生物生長、繁殖的良好環境，加速微生物的增值及其新陳代謝生理功能，從而使有機物得以降解、去除。
污水中的有機物是造成水污染zui重要的污染物，它是水域變質、發黑、發臭的主要禍因。有機污染物濃度高是畜禽養殖業污水的顯著特點，可以說能否有效去除養殖污水中的高濃度有機物，是進行養殖業污水處理的關鍵。一般來講，微生物處理方法是去除廢水中有機物、有效的方法，特別是處理BOD含量較高、可生化性較好的養殖業污水更為適宜。
畜禽養殖業污水處理過程中，無論是有機物的去除、能源的回收和資源的再次利用，還是污水的脫氮除磷，都離不開微生物的作用。微生物具有來源廣、易培養、世代短、對環境適應能力強、易變異等特性，在生產上能較容易地采取菌種進行培養繁殖，并在特定條件下進行馴化，從而通過微生物的新陳代謝過程使有機物無機化、有毒物質無害化。加之微生物的生存條件溫和、新陳代謝過程不需要高溫、高壓，也不需投加催化劑，所以用生物法促使污染物轉化的過程與一般化學法相比*得多，其處理費用低廉，運行管理方便。特別是富含高濃度有機物的畜禽養殖業污水進行厭氧方法處理，能產生二次能源——沼氣，如所產沼氣被利用，則運行費用更會大大降低，甚至帶來相當的經濟效益。
