建立健全農村生活污水處理設施運維管理體系是實現污水處理設施長期穩定運行、解決農村生活污水污染問題的關鍵。然而，目前我國農村生活污水處理工程運行維護方面的管理措施尚不完善。鑒于我國當前農村生活污水處理技術現狀及管理水平，宜建立基于以下4種運維模式的農村生活污水處理工程運維綜合模式，保障廣大農村地區生活污水處理設施正常運轉：
（1）保潔員運維模式。針對分散式農村生活污水處理工程規模小，運維簡單的特征，將農村生活污水處理工程運維交由村或組保潔員完成。如污水處理設施巡查、池體清淤、出水外觀記錄、人工濕地除雜早或植物種植收割等。
（2）專業人員片區運維模式。針對相對復雜，需要專業人員維護的生活污水生化處理工藝，如接觸氧化、SBR等，由農村基本行政機構如縣、村等分片區指派專業技術人員，對片區生活污水處理工程進行運維。
（3）BOT運維模式。BOT是一種“建設-營運-移交”方式，政府通過協議將污水處理工程的建設、經營和管理權讓渡給工程的投資運營方，以專業公司為主承擔污水處理工程的運維。該模式可以緩解農村生活污水處理工程建設、運行維護資金壓力，為農村生活污水處理工程長效運行提供保障。
（4）輸入工業污水處理廠。對于周邊工業污水處理設施相對完善的鄉鎮，可將居民生活污水就近輸入工業污水處理廠進行集中處理，工業企業承擔污水處理工程運維工作。
另外，無論采用哪種生活污水處理工程運維模式，建議必須建立健全工程運維資料檔案。建立污水處理工程運維資料檔案將有利于工程處理效果溯源、工程管理監管、工程經驗積累等。在污水處理工程運維資料檔案中，對于專職人員管理的污水處理工程（如BOT運維、專業人員分片區運維）需要記錄設施巡查情況、運維工作內容、出現的問題及其解決辦法等；對于人員管理的污水處理工程（如保潔員運維），需要記錄巡查情況、運維工作內容、出水外觀情況；對于運維管理配套的污水處理工程，需要專門人員不定期污水處理設施工作情況。
