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NAR發表轉錄因子新工具:KnockTF數據庫

時間:2020/1/2閱讀:290
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深圳子科生物報道:哈爾濱醫科大學大慶校區醫學信息學系李春權教授的生物信息課題組在轉錄因子領域取得重大成果,研究論文《KnockTF:a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors》于2019年10月被Nar雜志(Nucleic Acids Research,SCI影響因子11.147)接收并已發表,張建老師作為共同通訊作者,馮陳晨老師為第yi作者。

KnockTF數據庫是一個全面的人類轉錄因子敲降/敲除的基因表達譜數據庫。轉錄因子(Transcription Factor, TF)及其靶基因在人類疾病和生物學過程中起重要作用,轉錄因子敲降/敲除前后的基因表達譜分析是獲得轉錄因子靶基因、探索轉錄因子功能的zui重要策略之一。

KnockTF提供了大量與轉錄因子敲降/敲除相關的人類基因表達譜數據集、轉錄因子及其靶基因的注釋信息、轉錄因子的上游通路信息和下游靶基因的功能注釋信息,以及轉錄因子綁定到靶基因啟動子、增強子和超級增強子的詳細綁定信息。

KnockTF數據庫構建了一個轉錄因子——差異表達基因網絡,方便用戶進行網絡分析可視化,幫助闡明了轉錄因子相關的功能和潛在的生物學效應。上線一個月內,數據庫網站點擊率已達到1300余次,在轉錄因子的研究領域正在發揮著良好的作用,為生命科學領域提供了強大的轉錄因子及增強子生物信息資源和分析策略。

該研究得到了國家自然科學基金、黑龍江省自然科學基金、博士后基金、校內伍連德基金以及校內科研創新基金等項目的資助。

原文鏈接:

KnockTF:a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors

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