深圳子科生物報道：基因組學研究一直都存在著不同水平的偏向性（bias）。種族偏向性自不必說，美國“我們所有人（All of Us）”大規模研究計劃的目標之一就是對過去代表性不足的群體進行抽樣，比如非裔美國人。

同時，歷史偏向性也一直存在。某些基因與疾病有著很強的相關性，但好像就是不入科學家的法眼，始終躺在角落里無人問津。如今，研究人員開始正視這些偏向性。

歷史偏向性

由于歷史偏向性，一些已被證明對人類疾病有重要意義的基因被忽視。之前的研究稱，現階段的研究主要集中在2,000個編碼基因上，而人類基因組中大約有20,000個基因。近一篇發表在《PLOS Biology》上的文章剖析了為什么研究人員只關注10%的基因。

研究團隊發現，歷史偏向性在這方面發揮了巨大的作用，而政策、資助和職業道路也成為主要的推動力。

西北大學的Thomas Stoeger談道：“我們發現，目前對人類基因的研究并不反映基因的重要性。許多基因與人類疾病有著很強的相關性，但仍然沒怎么研究。相反，因為社會力量和資助機制強化了人們對過去研究課題的關注。”

研究團隊此次分析了大約15,000個基因，通過系統方法來剖析內在的原因。結果不僅解釋了為什么某些基因沒有被研究，還解釋了基因的研究程度。

他們發現，那些關注“冷門”基因的博士后和博士生日后成為獨立研究員的幾率要低50%。除此之外，許多政策實際上是推動人們去研究那些“熱門”基因，也就是人類基因組計劃之前許多研究關注的基因。

自從2003年人類基因組計劃完成以來，許多研究基因的新技術已經被開發出來。然而，不到10%的基因成為90%研究論文中的主角，而大約30%的基因更是從來沒研究過。人類基因組計劃的一個主要目標是擴大對人類基因組的研究。目前看來，這方面似乎有些失敗。

“一切理應隨著人類基因組計劃而改變，但一切仍然保持原樣，”西北大學的Luis Amaral說。“科學家一直走向同一個位置，對著同一批基因。我們應該把所有注意力都放在這一小組基因上嗎？”

“研究*相同的人類基因的偏向性非常高，”Amaral繼續說。“整個體系阻礙人們去研究和了解新的東西。我們需要共同努力，鼓勵人們研究那些對人類健康很重要的其他基因。”

如今，西北大學的研究團隊將利用他們的研究成果建立一個公共數據庫，以確定那些研究不多但與人類疾病有重要關聯的基因。

種族偏向性

早前的研究表明，兩個的遺傳數據庫中所包含的歐洲血統的遺傳數據要遠遠多于非洲血統。當研究人員將642個非洲血統的全基因組序列數據集與當前的基因組數據庫進行比較時，他們發現對歐洲的遺傳變異有著明顯的偏好。他們將研究結果發表在《Nature Communications》雜志上。

“準確報告遺傳變異是否引起了特定疾病或表型性狀的能力，在部分程度上取決于將變異標記為致病性的可信度，”研究人員解釋說。“對于非歐洲血統的人來說，這種決定往往更加困難，因為人們對歐洲人群缺乏或不常見的變異知之甚少。”

在這項研究中，馬里蘭大學醫學院的研究人員將帶有注釋的致病變異（在線數據庫中認定為致病的變異）和不帶有注釋的變異（未認定為致病的變異，NAV）區分開來。

“盡管我們無法確定哪些變異是真正致病的，但是我們認為真實致病性和注釋致病性之間的差異是偏向性的主要來源，”作者評論道。“這種差異的可能原因是數據庫中缺少特定人群的致病性信息，包括我們在此報告的非洲人群的致病性數據。”

研究人員發現，不帶有注釋的變異與非洲血統有著很高程度的正相關性。因此，這個群體的致病遺傳變異（針）可能就藏在NAV類別（稻草）中，這無異于稻草堆里撈針。雖然非洲人的遺傳變異程度較大，但不帶有注釋的變異數量更大。

因此，現在必須擴展數據庫，使之包含更廣泛的祖先。這將極大地改變非裔美國患者的臨床遺傳分析和診斷。與歐洲血統的人相比，分析這些患者基因組的任務更加困難且昂貴。

顯然，大家也認識到這個問題。美國NIH在今年5月啟動了“我們所有人”的研究計劃，其目標之一就是對在研究中代表性不足的群體進行抽樣。

盡管這些偏向性看起來像是難以解決的問題，但只要人們意識到問題的存在，并采取措施來克服它們，問題還是有希望解決的。

相關文獻

Stoeger T, Gerlach M, Morimoto RI, Nunes Amaral LA. Large-scale investigation of the reasons why potentially important genes are ignored. PLoS Biol. doi:10.1371/journal.pbio.2006643 (2018)

Kessler MD, Yerges-Armstrong L, Taub MA et al. Challenges and disparities in the application of personalized genomic medicine to populations with African ancestry. Nat. Commun. 7, 12521 (2016)