9月13日，在Nature旗下的開放獲取雜志《Scientific Data》發表的一項研究中，來自華中農業大學和美國亞利桑那州大學的研究人員，用PacBio的long read測序數據和Illumina雙末端測序數據，構建了兩個秈稻參考基因組。

我國的植物遺傳和分子生物學家，華中農業大學作物遺傳改良重點實驗室主任張啟發院士，以及亞利桑那大學的Rod A. Wing教授是這篇論文的共同通訊作者。張啟發院士課題組長期致力于水稻基因組研究，旨在通過植物基因組分析、重要基因的分離克隆、雜中優勢的遺傳和分子基礎、作物品種資源的分子評估及應用分子生物學技術進行水稻改良。Rod Wing博士是基因組學研究領域的專家，目前為亞利桑那大學教授，亞利桑那大學基因組研究所所長，近十幾年來共發表論文100多篇，參編專著7部。Rod Wing教授領導的亞利桑那大學基因組研究所是聞名的基因組研究機構，在BAC文庫構建、末端測序和指紋分析、比較物理圖譜構建及分析、表達序列標簽整理、結構功能預測等方面具有深厚的工作基礎，形成了明顯的特色和優勢。

今年6月，張啟發院士與加州大學河濱分校的Shizhong Xu教授合作，基于代謝組學預測了雜交稻的產量。他們證實相比于基因組預測，當使用代謝組學數據時雜交種產量的可預測性幾乎提高了兩倍。在源自210個重組自交系的21945個潛在雜交種中，根據代謝物預測選擇出的*個雜交種將使得產量增長~30%。研究結果發布在6月17日的The plant journal雜志上。

上個月，張啟發院士與美國亞利桑那大學的研究人員證實，兩種秈稻品種珍汕97（Zhenshan 97）和明恢63（Minghui 63）的參考基因組之間有著廣泛的序列差異。這項研究發布在2016年8月17日的《美國國家科學院院刊》（PNAS）上。

水稻是人類的主要作物，已被*為是生物學研究的一種重要模式生物，尤其是單子葉植物研究。亞洲栽培稻（Oryza sativa）包括兩個亞種：粳稻和秈稻。秈稻占*水稻產量的70%，并且更加具有遺傳多樣性。秈稻品種珍汕97（ZS97）和明恢63（MH63）是秈稻的兩個主要品種，包含了許多重要的農藝性狀，是汕優63（SY63，在中國zui廣泛種植的雜交水稻）的父母本。

在過去的30年里，ZS97、MH63、SY63雜交系統已被用作一種模型，同時，張啟發院士課題組已經對這兩個水稻亞種進行了許多基礎研究，并進行了一系列的嘗試，想對雜中優勢這個困擾科學家100多年的生物學謎團的遺傳學基礎，有一個基本的了解。因此，他們發起了一個聯合協作項目，為ZS97和MH63生成兩個參考質量基因組裝配，作為一種基本的工具來幫助我們了解雜中優勢的根本分子遺傳基礎。

為了提高以往許多調查結果的分辨率，該研究小組使用*的測序技術，產生了兩個參考質量參考基因組組件。利用PacBio SMRT技術，研究人員從209個（MH63）的BAC克隆庫，生成了超過108（ZS97）和174（MH63）Gb的原始序列數據，并用Illumina測序技術產生了~ 97（ZS97）和~ 74（MH63）Gb的末端配對全基因組鳥法（WGS）測序數據。

有了這些數據，他們成功地組裝了兩個白金標準的參考基因組，已被公開發布。在這里，他們提供了全套的原始數據，用于生成這兩個參考基因組組件。這些數據集可以用來測試新的方案，以更好的進行基因組組裝和注釋，有助于發現基因組結構、功能和進化的新見解，并有助于為一般生物研究提供必要的支持。  

深圳子科生物科技有限公司報道！