質譜法在蛋白分析鑒定等實驗中具有不可忽視的作用，本文對其中的樣本制備試劑用品、實驗操作、質譜儀的選擇、樣品的選擇等方面進行詳細的介紹。另外，這方面的FAQ、等信息可點擊藍色的字體查看。

試劑耗材：

Milli-Q water、Non-powder gloves、Face mask、Hat、10μl and 200μl tips(eppendorf)、Menthol(Fisher M/4056/17)、Acetonitrile(Fisher A/0626/17)、Trypsin (Promega V528)、Trypsin resolve solution(Promega V530)、Ammonium bicarbonate(Sigma A6141)、ZipTip μC-18(Millipore ZTC18M096)、TFA(GE healthcare)、0.2ml and 0.5ml EP tube(eppendorf)、50ml EP 0.5ml EP(Corning)

用具儀器：

真空干燥儀、水浴鍋、10μ和200μ移液器、廢液缸、制冰和裝冰設備、200μ管架、剪刀、能裝放置了200μ管管架的塑料盒、200μ管離心機。

準備：

1. 0.2ml EP管三套，MillIQ水和甲醇各涮一遍，真空干燥。

2. 50ml EP管六支，MilliQ水和甲醇各涮一遍，真空干燥。

3. 胰酶儲液制備：使胰酶粉末沉落瓶底，用100μ胰酶重旋液溶解，用0.5ml EP分裝成5μl。

4. 50ml 100 mM NH4HCO3。

脫色酶切：

1. 切點將200μl tip頭剪成吸口1.5mm左右的直徑，MilliQ水涮洗一遍，吸100μl水后戳取斑點，將膠粒打入0.2ml EP管中，吸干水后再用MilliQ水洗滌兩遍，吸干。

2. 脫色 180μl 50%MeOH/50mM NNH4HCO3脫色兩次以上，每次半小時;180μl MilliQ水洗滌5分鐘，180μ 50% ACN洗滌5分鐘，180μl 100%ACN洗滌5分鐘;真空干燥半小時。

3. 酶切

① 25 mM NH4HCO3稀釋胰酶至12.5μg/μl;每管膠粒加入胰酶3μl，冰浴15分鐘后洗掉多余的胰酶;再加入3μl左右25 mM NH4HCO3至覆蓋膠粒。

② 小心將EP管倒轉，將整個EP管架放入塑料盒中后放入37度水浴鍋酶切16小時。

③ 將塑料盒從37度水中撈出，注意不要倒掉水，冷卻至室溫。

④ 加入10μl 25 mM NH4HCO3，震蕩15分鐘，離心后收集至新管;

加入10μl 2.5%TFA，震蕩5分鐘，收集至上管;

加入10μl 2.5%TFA-50% ACN，震蕩5分鐘，收集至上管;

加入10μl 100% ACN，震蕩5分鐘，收集至上管。

⑤ 將此收集液真空濃縮至5-10μl后，加入20μl 0.5%TFA;繼續濃縮至10-20μl。

肽段濃縮除鹽：

1. 吸10μl 100% ACN，棄之，重復兩次;

2. 吸10μl 0.1% TFA，棄之，重復兩次;

3. 吹吸樣本15次;

4. 吸10μl 0.1% TFA，棄之，重復兩次;

5. 吸3μl 0.1% TFA-50% ACN，將此洗脫液轉入新EP管。

質譜種類

質譜儀種類非常多，工作原理和應用范圍也有很大的不同。從應用角度，質譜儀可以分為下面幾類：

有機質譜儀：由于應用特點不同又分為：

① 氣相色譜-質譜聯用儀(GC-MS)在這類儀器中，由于質譜儀工作原理不同，又有氣相色譜-四極質譜儀，氣相色譜-飛行時間質譜儀，氣相色譜-離子阱質譜儀等。

② 液相色譜-質譜聯用儀(LC-MS)同樣，有液相色譜-四器極質譜儀，液相色譜-離子阱質譜儀，液相色譜-飛行時間質譜儀，以及各種各樣的液相色譜-質譜-質譜聯用儀。

③ 其他有機質譜儀，主要有：基質輔助激光解吸飛行時間質譜儀(MALDI-TOFMS)，富立葉變換質譜儀(FT-MS)

無機質譜儀，包括：

① 火花源雙聚焦質譜儀。

② 感應耦合等離子體質譜儀(ICP-MS)。

③ 二次離子質譜儀(SIMS)

但以上的分類并不十分嚴謹。因為有些儀器帶有不同附件，具有不同功能。例如，一臺氣相色譜-雙聚焦質譜儀，如果改用快原子轟擊電離源，就不再是氣相色譜-質譜聯用儀，而稱為快原子轟擊質譜儀(FAB MS)。另外，有的質譜儀既可以和氣相色譜相連，又可以和液相色譜相連，因此也不好歸于某一類。在以上各類質譜儀中，數量zui多，用途zui廣的是有機質譜儀。

除上述分類外，還可以從質譜儀所用的質量分析器的不同，把質譜儀分為雙聚焦質譜儀、四極桿質譜儀、飛行時間質譜儀、離子阱質譜儀、傅立葉變換質譜儀等。

質譜儀的選擇竅門

質譜儀種類繁多，不同儀器應用特點也不同,一般來說，在300C左右能汽化的樣品，可以優先考慮用GC-MS進行分析，因為GC-MS使用EI源，得到的質譜信息多，可以進行庫檢索。毛細管柱的分離效果也好。如果在300℃左右不能汽化，則需要用LC-MS分析，此時主要得分子量信息，如果是串聯質譜，還可以得一些結構信息。如果是生物大分子，主要利用LC-MS和MALDI-TOF分析，主要得分子量信息。對于蛋白質樣品，還可以測定氨基酸序列。質譜儀的分辨率是一項重要技術指標，高分辨質譜儀可以提供化合物組成式，這對于結構測定是非常重要的。雙聚焦質譜儀，傅立葉變換質譜儀，帶反射器的飛行時間質譜儀等都具有高分辨功能。

質譜分析法中的樣品選擇

質譜分析法對樣品有一定的要求。進行GC-MS分析的樣品應是有機溶液，水溶液中的有機物一般不能測定，須進行萃取分離變為有機溶液，或采用頂空進樣技術。有些化合物極性太強，在加熱過程中易分解，例如有機酸類化合物，此時可以進行酯化處理，將酸變為酯再進行GC-MS分析，由分析結果可以推測酸的結構。如果樣品不能汽化也不能酯化，那就只能進行LC-MS分析了。進行LC-MS分析的樣品是水溶液或甲醇溶液，LC流動相中不應含不揮發鹽。對于極性樣品,一般采用ESI源，對于非極性樣品，采用APCI源。

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