來自加州大學(xué)圣地亞哥分校、圣克魯斯分校和武漢大學(xué)的研究人員，近日在新研究中通過全基因組分析揭示了SR蛋白在調(diào)控RNA剪接中的廣泛協(xié)同和競爭作用。相關(guān)論文“Genome-wide Analysis Reveals SR Protein Cooperation and Competition in Regulated Splicing”發(fā)表在《細胞分子》（Molecular Cell）雜志上。
來自加州大學(xué)圣地亞哥分校細胞和分子醫(yī)學(xué)系的傅向東（Xiang-Dong Fu）教授和圣克魯斯分校的Manuel Ares博士為這篇論文的共同通訊作者。傅向東教授是的美籍華人科學(xué)家，其早年畢業(yè)于武漢大學(xué)病毒學(xué)系，也是武漢大學(xué)聘請的*位講座教授。在分子生物學(xué)，生物化學(xué)等領(lǐng)域有較深造詣，在生命科學(xué)界傅向東因發(fā)現(xiàn)SR家族的剪接因子和一個新的激酶家族而為眾人矚目。在學(xué)術(shù)期刊發(fā)表論文100多篇，其中10多篇論文發(fā)表在Nature 、Science、Cell三大*期刊上。
近年來廣泛的基因組測序揭示，在不同的基因組中蛋白質(zhì)編碼基因數(shù)量相似且相對有限，從而促使研究人員更深入地思考生物體多樣性產(chǎn)生的機制。選擇性剪接是一種廣泛存在于高等真核生物基因組中的現(xiàn)象，被認(rèn)為是提高蛋白質(zhì)組復(fù)雜性的一種重要機制，其為調(diào)控不同細胞類型和發(fā)育過程中的基因表達提供了另一個層面。SR剪接因子蛋白家族和SR蛋白特異性激酶是在剪切調(diào)控中起著重要作用的一些因子。
SR蛋白家族成員都具有一個富含*/*（S/R）重復(fù)序列的RS結(jié)構(gòu)域,在RNA剪接體的組裝和選擇性剪接的調(diào)控過程中具有重要的作用。絕大多數(shù)SR蛋白是生存的必需因子,通過其RS結(jié)構(gòu)域和*的其他結(jié)構(gòu)域,實現(xiàn)與前體mRNA的特異性序列或其他剪接因子的相互作用,協(xié)同完成剪接位點的正確選擇或促進剪接體的形成。深入研究SR蛋白家族在RNA選擇性剪接中的調(diào)控機制,可以促進以疾病治療或害蟲防治為目的的應(yīng)用研究
在這篇文章中，研究人員通過全基因組分析揭示了SR蛋白在調(diào)控RNA剪接中的廣泛協(xié)同和競爭作用。采用剪接敏感微陣列分析和紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序（CLIP-seq），研究人員在小鼠胚胎纖維細胞（MEFs）中，繪制出了兩種典型的SR蛋白：SRSF1 （SF2/ASF）和SRSF2 （SC35）的基因組全景圖。
分析結(jié)果顯示，兩種SR廣泛重疊地與外顯子結(jié)合，普遍參與促進了外顯子的保留（inclusion）和跳躍。研究人員證實SR蛋白與RNA結(jié)合受到正負(fù)雙向調(diào)控。進一步的分析揭示，個別SR蛋白喪失，可導(dǎo)致受累外顯子上其他的SR蛋白相互作用協(xié)調(diào)性喪失或補償性獲得。表明一個SR蛋白對于剪切調(diào)控的特異性影響，取決于哺乳動物基因組中多個其他SR蛋白一系列復(fù)雜的相互關(guān)系。
