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從供應肉蛋到斗雞娛樂，家雞在人類生產生活中扮演著重要的角色。在馴化之后，家雞隨人類擴散到世界各地，成為飼養的家禽。關于家雞的馴化問題，自達爾文時代以來就一直廣受學術界關注。一系列工作表明，家雞的主要野生祖先是紅原雞。為探討家雞的馴化歷史，中科院院士張亞平領導的研究組基于母系遺傳的視角，對收集到的家雞和紅原雞樣本的線粒體DNA（mtDNA）控制區片段進行了分析。結果顯示，家雞mtDNA的不同支系可能起源于包括南亞、東南亞以及中國南部在內的廣大區域，可能涉及多次馴化事件.
由于控制區突變速率較高，由此引發的頻發突變（recurrent mutation）會干擾家雞mtDNA系統發育關系的構建。同時，控制區片段相對有限的遺傳信息不足以揭示家雞馴化的更多歷史細節。張亞平院士研究組隨后關于家豬（Wu et al. 2007. Genome Biol）和家犬（Pang et al. 2009. Mol Biol Evol）的工作表明，基于線粒體全基因組的系統發育分析可以較好地解決控制區的不足。
源于類似的思路，該研究組繼續與國內外的研究者展開合作。通過對東亞、東南亞以及南亞的家雞和紅原雞樣本控制區片段的初步分析，苗永旺和彭旻晟等研究人員選取50份代表樣本進行了線粒體全基因組測定，構建了mtDNA系統發育樹并對單倍型類群進行了界定。研究結果顯示，家雞和紅原雞共享單倍型類群A-G；相關家雞和紅原雞的世系在系統發育樹中也沒有體現出明顯的分離。這提示家雞和紅原雞之間可能存在持續雜交，或是家雞的馴化時間較短。基于系統發育樹，研究人員對包括已發表數據在內的近5000條控制區序列進行了重新分析，從而揭示出分別發生在南亞和中國西南（及其鄰近東南亞地區）的局部馴化事件。此外，對單倍型類群D的分析表明，在南島語系人群移居太平洋島嶼的過程中所攜帶的家雞主要是來自東南亞地區。
該工作為今后的家雞研究工作提供了較為清晰的母系遺傳背景信息。
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