蛋白質組（proteomics）分析是針對不同條件下細胞中蛋白的功能和特性進行研究的統稱，這一領域的研究一直以來都落后于基因組研究，后者在技術創新方面取得了不少成果，一些令人眼花繚亂的快速基因組圖譜繪制技術，還有無需借助核心實驗室設備就能完成實驗的技術，都令我們印象深刻。

但是與基因組研究的主要目的不同——基因組研究主要目的在于成列靜態堿基對序列，而蛋白質組分析則需要考慮到不同的形狀，大小和序列，這帶給科研人員更多需要解決的問題。
“一些科學家指出，蛋白質組的復雜性是無限的”，來自美國巴克老年研究所（Buck Institute for Age Research ）Bradford Gibson解釋道，像是剪切變化，磷酸化修飾，蛋白表達時序變化，蛋白翻轉，以及蛋白相互作用，都是造成蛋白質組復雜的原因。盡管蛋白質組存在許多變化，但現代的高技術圖譜也能幫助科學家們更好的了解細胞中的一舉一動。The Scientist雜志近期就總結了一些利用質譜技術進行蛋白質組研究的新成果。

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質譜技術是蛋白質研究長期以來*的一項重要技術，能達到進行蛋白質圖譜分析所需的靈敏度，分辨率和速度。“我們需要能全面分析一個細胞中所有蛋白質”，質譜分析儀生產商Thermo Scientific蛋白質組市場總監 Andreas Huhmer表示。蛋白質組實驗室正在競相進行蛋白質組圖譜更快，更全面的研究，這刺激了質譜技術的新浪潮。

所有的蛋白質譜分析都有一個相同的基本過程，那就是蛋白或者多肽首先會通過某種形式電離化，然后分解，測量質荷比，產生特征光譜。繪制一個全面的蛋白質圖譜要求質譜儀靈敏，既能檢測到高豐度肽段，也能檢測到肽段，而且還需要高分辨率來區分復雜多樣的蛋白種類，除此之外，研究人員也希望這個儀器運轉速度快，這樣分析單個蛋白質組無需花費整一年的時間。
早在上個世紀40年代，科學家們就發明了飛行時間質譜儀（TOF），這種儀器能在真空管中通過一個電磁場電離多肽，原理是不同質量的粒子在真空管中的速度不同。這種方法能很好的分析肽段，但是卻容易忽視肽段。

四極離子阱質譜儀（quadrupole ion trap mass spectrometer）利用4個導電棒之間的振蕩電流，分離不同穩定性的粒子，這種儀器具有高靈敏性，但是卻不適合用于差不多質量不同肽段的分析。
只到近期工程學家才將不同質譜分析方法的優點結合在一起，利用復雜的數學方法完成高度，高分辨率的分析，并且采用相應的軟件進行數據分析。

來源：生物通