張耕耘博士2009年加入深圳華大基因研究院并組建了農(nóng)業(yè)基因組平臺，他曾主持或參與了國家自然科學基金、國家“973”等多個大型科研項目，近期他分別以*作者和通訊作者，在Nature Biotechnology和Nature Genetics雜志上發(fā)表文章，取得了谷子和玉米基因組的研究進展。

在“Maize HapMap2 identifies extant variation from a genome in flux”這篇文章中，張耕耘博士等人對105個野生和栽培玉米品種進行了測序和分析，成功構建了第二代玉米單體型圖譜（簡稱，Maize HapMap 2），并對玉米的遺傳多樣性進行了全面分析。
在這篇文章中，研究人員建立了精密的群體遺傳學評分模型（population-genetics scoring model），共鑒定了5500多萬個遺傳分子標記，同時發(fā)現(xiàn)染色體結構變異（SV）在玉米野生種和栽培種的基因組中是普遍存在的，并且推測這些結構變異與很多重要的農(nóng)藝性狀具有密切的關聯(lián)。

此外，在研究影響玉米基因組大小的主要因素時，研究人員發(fā)現(xiàn)染色體結（一種密集的DNA結構，chromosomal knobs）的存在或缺失造成了“種內(nèi)”玉米基因組大小出現(xiàn)很大的差異；而在“種間”進行比較時，他們發(fā)現(xiàn)玉米基因組大小的變化則主要與大量的轉座子有關。
 

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玉米是集糧、經(jīng)、飼為一體的三元作物，也是重要的能源作物。遺傳多樣性研究對玉米種質資源的收集、評價、保存和利用具有十分重要的意義，也對玉米育種具有重要的指導意義。
這項研究與同期另外一項玉米基因組研究對促進玉米改良以滿足整個世界對糧食、飼料和燃料等資源的需求具有重要價值。張耕耘博士表示“我們希望在未來的研究中能夠取得更多的突破，以便更好地應對糧食安全和環(huán)境問題所帶來的諸多挑戰(zhàn)。”

另外一篇“Genome sequence of foxtail millet （Setaria italica） provides insights into grass evolution and biofuel potential”文章中，研究人員完成了一種植物：谷子（foxtail millet，學名Setaria italica）的全基因組測序，谷是目前種植第二廣泛的粟類物種，這項研究為提高谷類糧食遺傳性狀提供了寶貴的資源。
在這項研究中，研究人員利用新一代測序技術，對一種國內(nèi)北部谷子品系：張谷（Zhang gu）進行了從頭測序（de novo assembly），獲得了大小約為423Mb（N50達到了1.0Mb），包含38,801個蛋白編碼基因的全基因組序列，這些基因預測超過81%已經(jīng)表達。通過基因組注釋和分析發(fā)現(xiàn)，谷子基因組中的重復序列約占整個基因組的46%。

除此之外，研究人員還對另一谷子品系A2進行了重測序——A2是一種廣泛使用的谷子雜交雌株品系，利用這兩個品系親本F2代群體，完成了高密度遺傳連鎖圖譜。

來源：生物通