葉綠體基因組的特點是具相同或相關功能的基因組成復合操縱子結構.這一特點有利于葉綠體基因的表達與調控,例如rpoB-rpoC-rpoC 2操縱子是由編碼RNA聚合酶各個亞基的基因聚合在一起而形成的,而psbI-psbK-psbD-psbC操縱子則編碼PSⅡ的部分蛋白質.下面分別介紹一下葉綠體基因組基因表達調控方式.
1 轉錄水平調節
1.1 整體轉錄活性與葉綠體RNA聚合酶水平有關
參與葉綠體基因轉錄作用的RNA聚合酶至少可分為兩種不同的活性類型,一種是由葉綠體基因編碼的可溶性RNA聚合酶,根據同大腸桿菌相應序列同源性的比較分析,已鑒定出葉綠體基因rpoAV、rpoB、rpoC1和rpoC2,分別編碼著葉綠體可溶性RNA聚合酶的α、β、β'和β″亞基.另一種是由核基因組編碼的葉綠體RNA聚合酶,主要轉錄rRNA基因.它是同葉綠體DNA緊密結合形成的復合物,特稱為轉錄活躍的染色體 （transcriptionally active chromosome）簡稱TAC.研究表明RNA復合酶的增加水平與轉錄活性平行.
1.2 與附加因子相關
為了地啟動葉綠體基因的轉錄作用,還需要若干附加因子參與.目前已從玉米、菠菜等植物中分離了這類因子,如S因子和δ類因子（sigma- like factors,簡稱SLF）等等（Surzycki,1976; Bulow,1988; Lerbs,1988）.實驗證明葉綠體基因的轉錄起始是由SLF和啟動子共同控制的.
1.3 葉綠體基因轉錄活性改變與葉綠體DNA分子拓撲學改變有關
由于超螺旋度局部改變可影響啟動子活性,因而導致葉綠體基因組的整體轉錄或個別啟動子的活性變化.葉綠體RNA聚合酶對超螺旋的模板活性和忠實性比松散型模板要高（Jolly,1980; Crossland,1984; Stirdivant,1985; Lam 1987; Russell,1987）.
1.4 與啟動子強度相關
葉綠體RNA水平一方面是由轉錄速度決定的,但相對啟動子強度亦構成轉錄活性差異的重要因素.
1.5 葉綠體DNA甲基化對轉錄水平的影響
關于葉綠體DNA甲基化對轉錄水平的影響還存在一定爭議.對蕃茄葉綠體的研究表明（Kobayashi,1990）DNA甲基化可降低轉錄水平,而對豌豆葉綠體DNA甲基化研究中卻發現并不影響基因的表達水平.因此甲基化對轉錄水平的影響還有待于更深入的研究.
2 轉錄后調節與修飾
萊茵衣藻核基因組與葉綠體基因組遺傳轉化體系的建立,以及許多光合途徑缺陷突變體的分離為研究轉錄后調節提供了一個非常有用的模式系統.遺傳分析表明RNA加工和RNA編輯為影響葉綠體基因表達轉錄后調節的因素.
2.1 RNA加工
由于葉綠體基因組織結構多為多順反子操縱子,因此,其mRNA的加工必定成為基因表達調控的一個重要環節（Barkan,1988）.葉綠體RNA 加工模式在不同植物中是保守的.葉綠體基因組中約40個基因含有內含子（Sugiura,1992）,大多數葉綠體內含子以類似核和線粒體內含子切除方式剪接.
2.2 RNA編輯（editing）
RNA編輯是指RNA轉錄過程中或轉錄后發生一些堿基轉換（transition）、插入或缺失而導致基本密碼潛力改變的一種轉錄后修飾.大多數植物葉綠體都存在RNA編輯,與植物線粒體系統相似,是由C-U變化來改變密碼子內部而引起氨基酸的改變（Hoch,1991; Kudla,1992）.RNA編輯機制十分復雜,可能與多肽因子及轉錄活性因子參與有關（Zelts,1993）.
3 翻譯水平調節
翻譯水平調節可使生物快速地適應外界環境條件,特別對于表達基因,當環境條件不利時,可通過翻譯水平快速調節,從而減少代謝能源的消耗.RNA 水平（Michaels,1990）和細胞器代謝狀態（Scheibe,1990; Reinbothe,1991）影響葉綠體蛋白的翻譯,這種調節可能是通過核糖體蛋白反式磷酸化來完成的（Guitton,1984; Poson,1984）.
4 翻譯后調節與修飾
許多參與光合作用的蛋白需要一些非共價結合的輔基,如：一些金屬離子,才能形成功能蛋白,有些輔助因子（cofactor）還可以防止合成蛋白被蛋白酶水解.對于質體編碼的葉綠素（-脫輔基蛋白的積累,就需要輔基因子存在（Klein,1988; Eichaker,1990; Mullet,1990）.葉綠體中蛋白酶對翻譯后調節至關重要（Mishkind,1985）,一些不能裝配成功能蛋白的蛋白亞基的降解對葉綠體是一種保護措施,如：在光合傳遞鏈中氧自由基可損壞光系統的D1蛋白,而蛋白酶可降解這些無功能蛋白（Kyle,1984; Ohad,1984）,從而保證葉綠體正常代謝.翻譯后調節與修飾是葉綠體基因組表達調控中不容忽視的zui后一步調節.
5 細胞核與質體基因組的相互作用
雖然質體DNA可以編碼產生自身所需要的蛋白,但其大部分蛋白是由核基因編碼的.合子中的前質體處于一種未分化的基礎狀態,即使在胚胎發育早期復制前質體時,質體的轉錄和翻譯仍然處于一種低水平.當胚胎開始分化為根、莖原基時,前質體獲得*個發育信息,它激活一組基因,其產物可能只在分生組織中起作用,然后第二組基因產物對葉細胞發育起特異作用（Jaylor,1989）,它們一方面激活和提高前質體轉錄水平以及使前質體分化為葉綠體,一方面激活編碼葉綠體蛋白的核基因表達,以及合成使質體RNA穩定的多種蛋白因子,這組基因的表達可能取決于細胞的位置信息,即由于細胞位置的不同,導致某種特異調節分子相對濃度不同.在每個葉原基細胞增殖過程中,位置信息決定細胞命運,因而不同細胞如葉肉細胞、皮層細胞、保衛細胞中對葉綠體的發育進行微調,大多數是通過調節RNA穩定性、剪接、翻譯以及蛋白質穩定性來實現的,并顯示核基因可以控制那些核和質體共同編碼的、zui終裝配為復合體的蛋白基因.當發育為葉片時,不同細胞類型的核基因表達有所不同,不同細胞的位置信息,通過不同的基因調節機制,引起質體和核基因的細胞特異表達.zui后,葉片細胞以關掉編碼葉綠體蛋白的基因和核基因表達而進入衰老階段（劉良式,1988）.
總之,基因表達調控是由一系列復雜的調控機制組成的（Marina,1996）.不同的調節機制在一定條件下對特定基因起調節作用,不同的調節策略可使不同植物來適應各自的生存條件,如：光、溫、水和營養條件可調節植物的代謝活動.除上面提到的環境因素外,還涉及葉綠體基因轉錄及轉錄后調節、翻譯與翻譯后修飾調節、核基因對葉綠體基因在轉錄與翻譯過程中的調節和質體產生的信號對核編碼的質體蛋白的表達調節等等.因此,很難對葉綠體基因表達找出一個固定模式.在未來的研究中,核基因組和質體基因組如何在質體發育過程中起到相互調節作用將會成為一個zui可能出成果的研究領域.
