1. 待分離生物大分子的性質：待分離生物大分子所帶的電荷、分子大小和性質都會對電泳有明顯影響。一般來說，子帶的電荷量越大、直徑越小、形狀越接近球形，則其電泳遷移速度越快。
2. 緩沖液的性質：緩沖液的pH值會影響待分離生物大分子的解離程度，從而對其帶電性質產生影響，溶液pH值距離其等電點愈遠，其所帶凈電荷量就越大，電泳的速度也就越大，尤其對于蛋白質等兩性分子，緩沖液pH還會影響到其電泳方向，當緩沖液pH大于蛋白質分子的等電點，蛋白質分子帶負電荷，其電泳的方向是指向正極。為了保持電泳過程中待分離生物大分子的電荷以及緩沖液pH值的穩定性，緩沖液通常要保持一定的離子強度，一般在0.02－0.2，離子強度過低，則緩沖能力差，但如果離子強度過高，會在待分離分子周圍形成較強的帶相反電荷的離子擴散層（即離子氛），由于離子氛與待分離分子的移動方向相反，它們之間產生了靜電引力，因而引起電泳速度降低。另外緩沖液的粘度也會對電泳速度產生影響。
3. 電場強度：電場強度（V/cm）是每厘米的電位降，也稱電位梯度。電場強度越大，電泳速度越快。但增大電場強度會引起通過介質的電流強度增大，而造成電泳過程產生的熱量增大。電流在介質中所做的功（W）為：W=I2.R.t式中：I為電流強度，R為電阻，t為電泳時間。
電流所作的功絕大部分都轉換為熱，因而引起介質溫度升高，這會造成很多影響：
1、 樣品和緩沖離子擴散速度增加，引起樣品分離帶的加寬；
2、 產生對流，引起待分離物的混合；
3、 如果樣品對熱敏感，會引起蛋白變性；
4、 引起介質粘度降低、電阻下降等等。電泳中產生的熱通常是由中心向外周散發的，所以介質中心溫度一般要高于外周，尤其是管狀電泳，由此引起*部分介質相對于外周部分粘度下降，摩擦系數減小，電泳遷移速度增大，由于*部分的電泳速度比邊緣快，所以電泳分離帶通常呈弓型。降低電流強度，可以減小生熱，但會延長電泳時間，引起待分離生物大分子擴散的增加而影響分離效果。所以電泳實驗中要選擇適當的電場強度，同時可以適當冷卻降低溫度以獲得較好的分離效果。
4. 電滲：液體在電場中，對于固體支持介質的相對移動，稱為電滲現象。由于支持介質表面可能會存在一些帶電基團，如濾紙表面通常有一些羧基，瓊脂可能會含有一些硫酸基，而玻璃表面通常有Si-OH基團等等。這些基團電離后會使支持介質表面帶電，吸附一些帶相反電荷的離子，在電場的作用下向電極方向移動，形成介質表面溶液的流動，這種現象就是電滲。在pH值高于3時，玻璃表面帶負電，吸附溶液中的正電離子，引起玻璃表面附近溶液層帶正電，在電場的作用下，向負極遷移，帶動電極液產生向負極的電滲流。如果電滲方向與待分離分子電泳方向相同，則加快電泳速度；如果相反，則降低電泳速度。
5. 支持介質的篩孔：支持介質的篩孔大小對待分離生物大分子的電泳遷移速度有明顯的影響。在篩孔大的介質中泳動速度快，反之，則泳動速度慢。
