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在安裝時以及以后每隔一定時間，要由有資質的專業人員按照規定對每一臺生物安全柜的整體運行性能進行生物的和物理的認證，以檢查其是否符合國家及的性能標準。生物安全柜的檢測主要包括物理學檢測喝生物學檢測兩個方面，其中：
安全柜防護效果的物理學評估應該包括:
①. 安全柜的整體、HEPA過濾器的泄漏,
②. 空氣向下流動的速率、進口空氣的速率,
③. 負壓/換氣次數,
④. 氣流的穩定性（煙霧特征）,
⑤. 以及警報和自控（互鎖）系統.
⑥. 漏電
⑦. 照度
⑧. 紫外線強度
⑨. 噪聲
⑩. 震動性的測試。
生物學評估包括:
①. 對個體保護效果
②. 對環境保護效果
③. 樣品保護試驗
④. 交叉污染試驗。
下列情況之一時，必須對生物安全柜進行現場檢測
1） 實驗室施工，生物安全柜搬到位置后。
2） 生物安全柜移動位置時。
3） 生物安全柜進行檢修后。
4） 生物安全柜更換過濾器后。
5） 生物安全柜的一年一度的常規檢測。
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