在更換過濾器之前必須進行消毒。在生物安全柜重新安置之前，必須要考慮對生物安全柜內所操作的病原體進行危害評估，以決定是否需要消毒及采用何種消毒方法。
一般有以下情況發生時，需要進行生物安全柜熏蒸：
1、更換生物安全柜的排氣過濾器/送風過濾器之前。
2、更換內風機之前。
3、發生泄漏或者污染難以消毒的表面時。
4、進行性能檢驗和重新檢測之前。
5、生物安全柜的安裝位置有移動之前。
6、根據使用者的風險評判斷是否需要熏蒸。
生物安全柜過濾器更換注意事項
高效過濾器更換前，一定要將柜內表面以及原超高效過濾器采用甲醛熏蒸消毒，更換時，手和身體有外傷者不得進行操作，操作人員一定要穿上防護服以及口罩，小腳手套。 取出的過濾器要立即密封放入塑料袋內，使用過的手套，防護服等同樣處理，作為醫療垃圾處理。安裝新過濾器時，不要隨便將頭和身體伸到柜內，同樣高度謹慎操作。
