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基因芯片的zui大優點在于其高通量。基因芯片出現之前，研究眾多基因在特定研究體系中的表達變化的手段為原位雜交技術和NORTHERN技術。這兩種技術有其各自優點。原位雜交技術可以定位待檢測基因在組織中分布于哪些細胞類型，而NORTHERN技術可以顯示待檢測基因的分子量信息。但兩個技術的致命缺點是極低的通量，即一次實驗過程只能檢測有限的基因。如果想在有限的實驗次數中檢測眾多基因在特定實驗體系中的變化規律，這兩種技術是不可能的。而利用芯片就可以達到這個目的。傳統方法檢測眾多基因要經歷多次實驗而且自動化程度低，因而每次實驗之間是存在系統誤差的。基因芯片可以克服這個缺點，眾多基因的探針的標記、雜交等過程是在一次實驗過程中完成的，而且自動化程度高，數據客觀可靠。
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