對液相色譜系統的故障邏輯推理是快速糾正系統故障的關鍵，某些一目了然的故障，如接頭漏了，緊緊螺絲就可以了。有些故障一時難以判斷，如峰拖尾的問題，可能一時找不準原因。遵循有規則的模式解決問題十分重要，而不是漫無目標的逐一檢查每一個部件。
1)粗看一遍，首先，故障發生后要對系統做一次快速的檢查。沿著流動相存儲器經系統到廢液出口，整個流路看一遍就可能發現問題所在：泵的入口處有無氣泡、接頭口是否滲漏、壓力是否正常、還有沒有其他反常現象？其次，確定所設定的條件是否合適：檢查流動相、流速、壓力、色譜柱類型、檢測器和記錄儀、調整這些方面對方法的適應性。進行這兩步檢查僅需一兩分鐘時間，卻能夠做到事半功倍。
2）系統的變化 例如，開機后進行過維修、更換過零部件，加入了新流動相、分析過特殊樣品，改變過方法，甚至停過電等。如有其他操作人員在實驗室中可詢問一下儀器是否發生過變化，zui后認真歸納系統發生的每個變化，就能解決許多問題
3）對照參比條件 系統如果出了問題在色譜圖上都會有反應，再做一次試驗參考色譜圖，如果參考色譜圖沒有問題，就可以考慮是否樣品出了問題；如果參考色譜圖有問題，那么系統就有了問題。也有些問題不能在色譜圖中反映出來，如壓力變化，這時應弄清流動相及其流速是否有誤，不必再做參考實驗參考色譜圖。
4）逐步分析并解決問題 如果上訴嘗試都無效，可將系統一次做一種變化，并同時記錄。變化無效的一般無問題，有效的應做上記號，然后根據實際情況，調換部分或整個部件。
