PCR完成后，建議將反應液于1000× g (大約4000 rpm) 離心1～3 min以沉淀血細胞碎片，之后取上清進行下游分析。該步驟可有效去除多種血液組分。當使用高濃度血液模板時此步尤為重要，因為經過PCR循環，反應管中會存在大量的血細胞碎片。這些碎片會干擾下游的檢測，如瓊脂糖電泳檢測。注意：由于血液本身的原因，PCR 結束后在 PCR 管的底部會出現透明凝膠狀物質，此為正常現象。
斑點氣單胞菌PCR檢測試劑盒對照反應
在PCR結果分析時，不管是陽性結果或陰性結果，如果沒有對照反應，都不能確定結果是否可靠。為了便于后續實驗結果的分析，建議在進行PCR時，設置陽性和陰性PCR對照反應以便于排除假陽性或假陰性的干擾。
a）模板DNA：選用樣本純化的DNA。
b）引物的選擇：建議選擇該樣本較易擴增的基因的引物，如 β-actin 基因或 GAPDH 等。
4.2 陰性對照
PCR反應體系被污染會導致PCR結果出現假陽性，需要設置陰性對照來排除。將使用的移液器槍頭浸泡在2× Blood Master Mix中，添加引物，ddH2O進行PCR擴增；另取ddH2O作為模板，用目的基因引物進行PCR擴增，以排除PCR體系是否被污染和實驗是否有其他污染源。
