在理化指標方面，
醫院污水處理設備對排入地表水體的醫院污水和傳染病醫院污水的COD、BOD5、SS、動植物油、石油類、陰離子表面活性劑等指標都在原有標準基礎上進行了嚴格的控制，以增強污水處理系統的抗風險性。考慮氨氮也消耗消毒劑，對氨氮也提出了嚴格的要求。新標準考慮了消毒效果和生態安全性問題，針對不同性質醫院及污水去向對消毒時間和余氯量均作了明確規定，嚴格了余氯標準的上限。
醫院污水處理設備過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，必須進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能(高溫堆肥)，有的地區可以用太陽能。或者用焚燒法處理(見污泥焚燒)。
醫院酸性廢水主要來自于檢驗項目或化學清洗劑。酸性廢水腐蝕排水管道，與金屬反應產生氫氣，濃度較高時與水接觸放熱，與鹽類接觸發生爆炸。酸性廢水引起廢水整體pH值的變化，也會引起和促成其他化學物質的變化。
醫院污水處理設備氮化鈉等物質在酸性條件下能生成*（NaN3），引起爆炸，且有很強的毒性。對酸性廢水常采用中和處理。以氫氧化鈉、石灰作為中和劑，加入酸性廢水中通過攪拌達到目的。
