設備的使用問題需重視，為了確保設備的正常使用，使用全排風生物安全柜一般應遵循下列的原則：
(1)超凈工作臺≠生物安全柜。超凈工作臺看似和生物安全柜非常相似，但超凈工作臺只保護工作區(qū)的樣品免受外部環(huán)境污染，并不能保護操作人員。
(2)請勿使用生物安全柜處理有毒、易燃、易爆等材料。
(3)應避免使用明火。因明火產生的熱效應會干擾生物安全柜操作區(qū)內的氣流穩(wěn)定，且火焰熱氣會影響濾器的壽命。如必須使用，可根據(jù)需要選取即用即燃式滅菌器具或微型接觸式燃燒器。
(4)請勿在生物安全柜內擺放過多物品，否則會影響安全柜氣流和安全性能。
(5)合理選擇生物安全柜的安裝地點。應當盡量遠離外部氣流干擾因素，例如門窗、空調通風口、人員過道以及其他實驗室氣流干擾設備(安全柜、通風櫥等)。
(6)生物安全柜中一般不需要紫外燈。如果使用紫外燈的話，應該每周進行清潔，以除去可能影響其殺菌效果的灰塵和污垢。
(7)在安全柜使用前后，請按照程序為安全柜進行表面除菌。使用適當?shù)南緞?0%的異丙醇溶劑擦拭安全柜的工作區(qū)表面，包括前后的近期格柵。
(8)注意安全柜自凈周期。開啟關閉安全柜時，讓安全柜自主運行3-5分鐘的自凈周期。這個自凈程序可以清除安全柜的工作區(qū)域內可能存在的經空氣傳播的污染物。
(9)確保安全柜在工作時前窗處于正確的額定操作高度。
(10)正確著裝為操作中提供必要保護。當進行高危險性操作，例如生物安全水平2+到3級操作時，應選用長袖、背面開口的*和兩副手套，并確保外層手套套住*袖口。不能有暴露在外的肌膚。
(11)在安全區(qū)域內進行操作。切勿阻塞工作區(qū)前后的通風格柵。盡量在工作區(qū)的中心部位進行操作。
(12)遵循清潔區(qū)到污染區(qū)的操作原則。生物安全柜的工作區(qū)應該被依次劃分為三個區(qū)域：清潔區(qū)、工作區(qū)和污染區(qū)。生物危害性廢棄物袋應放置在污染區(qū)內；實驗儀器和樣品應放置在工作區(qū)域；而實驗供給品應放置在潔凈區(qū)內。在工作臺面上的實驗操作應該按照從清潔區(qū)到污染區(qū)的方向進行。
