昆明動物所等家養動物線粒體DNA基因組學研究取得進展

近年來，家養動物線粒體DNA（mtDNA）基因組學得到了迅速發展，積累了大量的mtDNA序列數據。與此同時，一些問題隨之浮現出來。除了數據質量存在缺陷（Shi, et al. 2014. Mol Ecol）之外，mtDNA世系劃分標準不一，世系命名混亂的問題也已開始干擾家養動物mtDNA的研究工作。

為了系統解決這些問題，中國科學院昆明動物研究所研究員、中科院院士張亞平學科組與生命條形碼南方中心王文智開展了合作。借鑒人類mtDNA研究的經驗，彭旻晟、樊隆、史妮妮等研究人員運用構建mtDNA單倍型類群樹（haplogroup tree）的方法重建了8種家養動物（家犬、家牛、牦牛、家豬、馬、山羊、綿羊和家雞）的系統發育關系（phylogeny），此結果作為在線資源DomeTree發布，這將為今后的家養動物mtDNA研究提供統一的參考標準。同時，研究人員還開發了相應的數據分析軟件MitoToolPy可提供突變信息輸出、單倍型類群劃分、序列質量問題判斷等功能。DomeTree和MitoToolPy將通過定期在線更新升級以整合之后發表的mtDNA基因組數據，并有望囊括更多的家養動物種類。

相關研究結果在線發表于刊物《分子生態學資源》（Molecular Ecology Resources）。