技術的發現，大規模并行DNA測序得到了廣泛的應用，為許多研究領域帶來了一場革命。然而，高通量的蛋白質分析仍然困難重重，現在亟需高質量低成本的蛋白分析技術。
為此，開發了一種單分子互作測序（SMI-seq）技術。該技術能夠實現單分子水平上的并行分析，獲得大量蛋白質的互作圖譜，研究人員利用PRMC復合體（蛋白質-核糖體-mRNA-互補DNA），通過體外的核糖體展示（ribosome display）技術，將DNA條碼連到蛋白質上。此外也可以通過催化酶，分別給不同蛋白連上DNA條碼。這些自帶條碼的蛋白可以在水溶液中進行檢測。
隨后，研究人員將上述蛋白固定在聚丙烯酰胺薄膜上，建立起隨機的單分子陣列。對條碼DNA進行原位擴增可以形成polonies（polymerase colonies），zui后通過DNA測序進行分析。
SMI-seq方法能夠定量多種蛋白，理論上這個陣列的密度可以達到每平方毫米一百萬polonies。此外，那些共定位的polonies還揭示了蛋白質之間的互作。為了證明這一技術的有效性，研究人員通過SMI-seq獲得了G蛋白偶聯受體和抗體結合的圖譜。據介紹，SMI-seq是一種“一鍋端”式的分析（one-pot assay），可以同時檢測分子結合的親和力和特異性。（延伸閱讀：測序牛人發布蛋白單分子測序技術）
研究顯示，SMI-seq技術可以在單分子水平上原位檢測蛋白及其復合體，從根本上提升蛋白質分析的靈敏度、準確性和多重性。該技術適用于二代測序平臺，這進一步拓寬了它的應用范圍。除了天然蛋白、重組蛋白，SMI-seq還可以用于人為生成的新蛋白、核酸和有條碼的小分子。
