Ultrapure 100 Buffer Set提供的用于交換樹脂的緩沖液，經驗證其所含內毒素含量均低于10 EU/ml（BioWhittaker Kinetic-QCLTest驗證）。

純化的質粒DNA中的內毒素污染水平取決于純化方式。硅膠純化的DNA表現出*的內毒素污染水平。使用QIAGEN、QIAfilter和HiSpeed的質粒DNA純化試劑盒，以及通過兩次CsCl超速離心所制備的DNA純度很高，內毒素污染水平相對較低。QIAGEN Ultrapure 100 system含有內置的內毒素去除步驟，純化得到的質粒DNA的內毒素含量低于0.1 EU/µg。

內毒素，也被稱為脂多糖或LPS，是大腸桿菌等革蘭氏陰性菌細胞膜的組成成分之一（參見Bacterial cell wall）。在質粒純化的裂解過程中，內毒素釋放出來，對于內毒素敏感的細胞系，可嚴重降低其轉染效率。另外內毒素會與DNA競爭轉染試劑，影響質粒DNA的攝取量。內毒素還會誘導巨噬細胞和B細胞等免疫細胞發生非特異性免疫活化反應，導致對轉染結果的錯誤解讀，包括誘導合成蛋白質和脂質，如IL-1和前列腺素。總的來說，內毒素在轉染反應中是不可控變量，影響反應結果及結果的重復性，使結果難以比較和分析。在基因治療研究中，內毒素會導致內毒素休克綜合癥和補體級聯反應，影響研究結果。

Ultrapure 100 Buffer Set配合Ultrapure 500 Resin純化的質粒DNA，其純度相當于兩次CsCl梯度離心所純化的DNA的純度。簡單的內毒素去除步驟可確保純化的DNA所含內毒素不超過0.1 EU/µg DNA。純化的DNA適用于多種敏感的應用，包括：

質粒介導的基因沉默

轉染

基因治療研究