射頻水處理器產生高能量的射頻電場，作用于水系統管路上， 使管道內水分子產生共振，把氫鍵締合的水分子團變成單個的極性，改變了水的活化性，這些極微小的水分子可以滲透、包圍、溶解、去除系統中的老垢，使水中的Ca2+、Mg2+和CO32-互相碰撞，形成松軟的特殊的文石晶體，由于這些晶體表面沒有電荷，不再吸附在管壁上或設備上，達到除垢防垢的目的。

     射頻水處理器在工作時高能量的射頻電場，改變細菌、藻類細胞的生存環境使其喪失生存條件而死亡，從而具有殺菌滅藻的作用。細胞膜有許多對外的離子通道，離子通道的調節直接影響細胞的功能和生命。射頻水處理器產生的外電場破壞了細胞膜上的離子通道，改變了調節細胞功能的內控電流，影響細菌的生命。同時處理器形成強電場產生的高速運動的電子將細胞沖擊致死，達到殺菌的目的。電場處理水過程中，溶解氧得到活化，超氧陰離子自由基、羥基自由基、過氧化氫、單線態氧等活性氧。活性氧對微生物機體產生系列有害作用，造成有機體衰老，直至死亡。