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河南省CDC,華大基因采用新測序方法 發現新病毒

時間:2011-11-29閱讀:2257
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來自河南省疾病預防控制中心,武漢華大基因研究院,軍事醫學科學研究院的研究人員發表了題為“Metagenomic Analysis of Fever, Thrombocytopenia and Leukopenia Syndrome (FTLS) in Henan Province, China: Discovery of a New Bunyavirus”的文章,發現了自07年就出現在我國的蜱蟲病的致病病毒:新布尼亞病毒,這一研究組也研發出了相關的診斷試劑,并應用于該病的監測診斷中,目前還啟動疫苗研發。相關成果公布在PLoS Pathogens雜志上。文章的通訊作者是河南省疾病預防控制中心的許汴利教授,以及武漢華大基因研究院的陳唯軍教授,前者早年畢業于河南醫科大學,主要研究方向是分子生物學、傳染病及寄生蟲病流行病學。
據報道,中國疾病預防控制中心數據顯示截至今年6月份,中國已有河南省、湖北省、山東省、安徽省、江蘇等省報告“蜱蟲病”病例280多人,死亡10余人。這種疾病學名發熱伴血小板減少綜合征,是一種自然疫原性疾病,蜱為其傳播媒介。該病以發熱伴血小板減少為主要表現,大多數患者有惡心、嘔吐及食欲不振等消化道癥狀和乏力等表現,其中少數重癥患者可因多臟器損害,救治無效死亡。 在2007年起,這一研究組就在河南省信陽、南陽地區發現了這一新發傳染病,2010年從病例血樣標本中成功分離出了一種新的病毒,命名為新布尼亞病毒,繼而從分子生物學、免疫學、流行病學和臨床特點等方面證明了這一新布尼亞病毒與該新發傳染病之間的致病關系,從而確定了新布尼亞病毒為“蜱蟲病”的主要元兇。這對于“蜱蟲病”的檢測診斷、臨床救治和預防控制以及開展深入研究有重要意義。
值得關注的是,這項研究采用了一種有別于上傳統發現新病毒的新型技術路線:采用宏基因測序技術首先發現未知病毒基因片段,建立分子生物學檢測方法,再篩查出陽性標本,指導病毒分離。宏基因組測序是對特定環境(或者特定生境)樣品中的微生物群體基因組,進行序列的測定,以分析微生物群體基因組成及功能,解讀微生物群體的多樣性與豐度,探求微生物與環境,微生物與宿主之間的關系,發掘和研究新的、具有特定功能的基因。
這種測序方法避開了微生物分離培養的過程,擴展了微生物資源的利用空間,為研究微生物相互作用提供了有效工具,可以用于篩選疾病關聯的微生物,鑒定疾病關聯的微生物基因及其功能,疾病預防及診斷,和微生態制劑開發。這篇文章采用的是Illumina高通量測序技術,以及華大基因的軟件包:SOAP(Short Oligonucleotide Analysis Package),這個主要是為生物信息工作者提供實用的新一代測序技術的基礎生物信息工具。

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